实验室依据建设目标划分为6个部门，包括4个研究所和2个技术中心，组织结构如图1所示。其中农业电子商务价值模式创新研究所主要进行农业电子商务模式优化、 创新以及相关农产品电商领域标准研究；农产品智慧物流与供应链研究所主要研究提高农业电子商务物流与供应链效率的核心问题，通过对供应链信息的智能化分析 和处理为农业物流和供应链优化决策提供理论支撑；农业质量安全管理与溯源研究所主要研究面向全程电子商务的特色农林产品产前、产中、产后，加工、冷链运输 、分销、零售等环节的实时信息获取，以及正向追踪与反向追溯等关键技术；农业电子商务大数据决策研究所主要研究农业电商大数据协同决策理论技术，建设统一的、 集成共享的农业电子商务数据监测、分析、发布和服务于一体的数据云平台，实现农产品电商的数据、知识和决策的协同；工程技术中心主要负责实验室技术转移和推广工作， 以及技术服务和技术咨询工作，同时为实验室各部门的全业务工作提供技术支持；市场推广中心主要负责实验室技术和产品推广过程中市场销售环节的管理、监督、协调和服务工作。